由于闽南语保留了不少古音，而日语的汉字读音多是在中国 南朝至明朝等时从中国传入，所以有不少汉字两者的发音很像。例如“世界”一词，闽南语念sè-kài，日语念セカイ（sekai），发音接近。

另外，由于台湾曾受日本统治长达半世纪（1895年-1945年），因此台湾的闽南语有不少口语是来自日语词汇，例如o·-bá-sáng（おばさん，中年、年长女性）闽南语的阿婶相通、o·-jí-sáng（おじさん，年长男性）闽南语的阿叔相通（而不是来自日语）；另亦有日语汉词以闽南语发音读出的情形，例如：“注文”（下订单的意思）、“寄付”（捐献的意思）、“出张”（出差的意思）、“水道水”（自来水的意思）等。

日本语之中亦有来自闽南语的借词：

ビーフン 米粉 bí-hún

レンブ 莲雾（オオフトモモ）lián-bū

サバヒー 虱目鱼（和名）sat-ba̍k-hî

レンヒー 鲢鱼（レンギョ之别名）

ヌンチャク 两节（棍）nn̄g-chat