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因巨蜥原有数量不多，有很高的经济价值，导致当地群众对其随意捕捉，使原本数量较少的巨蜥已到灭绝边缘。1989年已被列入中国《国家重点保护野生动物名录》，定为I级保护动物，同时已被列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》。保护区，同时还鼓励人工饲养繁殖，以此来拯救数目稀少的巨蜥。
